La localité qui deviendra Dijon est peuplée dès le 3e siècle. La rapide construction d’un castrum montre l’importance de la cité. A la création du duché de Bourgogne en 887, Beaune en est la capitale. En 1364, le roi Jean le Bon donne en apanage le duché de Bourgogne à son fils, Philippe II de Bourgogne dit « Philippe le Hardi ». Il fait de Dijon sa capitale administrative et religieuse, haut lieu de pèlerinage avec notamment l'édification de la rotonde de Saint-Bénigne. Philippe le Hardi décide que la cité sera l’endroit où il sera inhumé, au monastère de Champmol nouvellement bâti. Lors du règne de Philippe le Bon, il fait construire une tour au 15e siècle symbolisant la puissance et le pouvoir des ducs de Bourgogne. La mort de Charles le Téméraire en janvier 1477 marque la fin de cette dynastie, et entraine une guerre de succession entre le roi de France Louis XI et Marie de Bourgogne, fille du défunt duc. L'épilogue de cette opposition est en 1493 le rattachement définitif de la Bourgogne au royaume de France et du Comté au Saint Empire germanique. Cette nouvelle géographie transforme Dijon en ville frontière et place forte royale à l’instar d'autres localités bourguignonnes (Auxonne, Beaune ou bien Chalon-sur-Saône). Le siège de la ville par les Suisses en 1513 montre la nécessité de construire une enceinte capable de résister à de nouvelles menaces. Des courtines et des bastions sont élevés en conservant certaines fortifications déjà en place (château, tours, etc.). Jérôme Bellarmato, nommé en 1546 « commissaire général du roi aux fortifications du duché de Bourgogne », réalise les plans des futurs bastions, notamment celui de Guise qui est élevé en 1548. Au 17e siècle, la menace demeure, permanente à cause des nombreuses guerres menées par la royauté française (guerre de Dix ans, guerre de Dévolution, première conquête de la Franche-Comté, etc.). Vers 1636, Dijon renforce à nouveau son enceinte avec l'implantation d'ouvrages avancés (demi-lunes, contregardes). Mais cette crainte s’estompe avec la conquête de la Franche-Comté en 1674, repoussant la frontière davantage vers l'est (d’environ 180 km). La cité perd son statut de ville frontière. Rapidement, la municipalité engage une politique de désenclavement de la ville, ses fortifications n’étant plus la priorité des échevins. La fin du 18e siècle et le siècle suivant se caractérisent par la démolition de plusieurs ouvrages et de ses remparts. A partir des années 1860, le débastionnement de la ville est débattu par les équipes municipales. Le château sera totalement démoli vers 1897. A l’issue de la guerre contre la Prusse, la ville est occupée par les soldats germaniques jusqu’au 27 octobre 1871. Il devient vital de reconstruire la frontière du pays. L'agglomération joue à nouveau un rôle militaire, avec l’implantation d'une ceinture de forts dans le cadre du renforcement de la frontière établi par le général Séré de Rivières à partir de la décennie 1870. L’évolution de l'artillerie change les lieux d’affrontements, désormais à l'écart des milieux urbains. Six forts, un réduit et une redoute sont construits autour de Dijon, situés à des endroits stratégiques et permettant de couper et d’intercepter des axes de communications. La localité devient une ville-garnison à cette époque : plusieurs casernes sont bâties ainsi qu'un arsenal militaire. Des poudrières sont édifiées, destinées à alimenter en poudre les forts.  

Au cours de la Première Guerre mondiale, Dijon, bien qu’éloignée du front, est mobilisée pour ravitailler et produire du matériel nécessaire à l’effort de guerre. De nombreux soldats blessés sont pris en charge dans des hôpitaux temporairement aménagés. En juin 1940, les soldats allemands occupent la ville. La libération interviendra quatre ans plus tard, le 11 septembre 1944. La ville ne subit pas de destructions massives au cours de ces deux conflits.

En 1944, le bastion de Guise, unique vestige de l'enceinte bâtie au 16e siècle, est protégé au titre des Monuments historiques. Cette protection valorise le passé militaire de la capitale bourguignonne. Enfin, en 2006, ce sont les ouvrages fortifiés et bâtiments militaires construits entre 1874 et 1885 qui sont à leur tour protégés, reconnaissant aussi leur valeur historique. D'autres témoins rappellent cet aspect de l’Histoire comme divers magasins à poudre (celui de la rue d'Auxonne, protégé également) ou bien d'anciennes casernes (celle de Vaillant par exemple).