L'instrument actuel fut construit par Claude Valentin en 1726 et augmenté en 1734. Le facteur Karl-Joseph Riepp de Dijon fut chargé de le terminer de 1749 à 1758. Le buffet du 18e siècle est l'oeuvre du menuisier Jean-Claude Chenevard. En 1834, l'orgue fut totalement restructuré par Joseph Callinet qui refit entièrement les sommiers et les jeux. L'instrument fut transformé une nouvelle fois en 1869 par Jacquot qui changea la structure de la mécanique des notes. Une nouvelle console remplaça l'ancienne, quelques jeux furent remplacés. En 1927, la maison Cavaillé-Coll introduit de nouveaux jeux gambes et les anches sont romantisées. Enfin, vers 1940, Jules Bossier de Dijon supprime 4 jeux aux claviers, retire la bombarde en bois de Callinet pour la remplacer par un violoncelle en zinc. L'orgue a été restauré par Jean-François Muno.