Avant la Révolution un orgue existait dans l'église mais on en ignore l'origine, un inventaire de 1790 indique qu'il était en tribune ; selon un marché de 720 livres du 30 avril 1806, l'ancien orgue de l'église abbatiale de Gigny (39) fut remonté dans l'église des cordeliers par le facteur d'orgues François Callinet qui apporta quelques réparations en 1830 ; un marché passé avec les frères Joseph et Claude Ignace Callinet le 17 juin 1842 prévoyait la construction d'un instrument neuf de trois claviers et pédalier ; se pliant aux exigences de l'organiste d'alors, Maurice Blanc, les frères Callinet réalisèrent un orgue encore proche des orgues du 18e siècle : présence au pédalier d'un ravalement au la gravé pour tous les jeux, d'une tierce au grand orgue, six rangs de plein jeu ; en 1863, le facteur d'orgues Aristide Cavaillé-Coll installa un clavier de pédale à l'allemande, et fournit 43 boutons de registre ; le règlement de la facture fut accompagné d'une demande de devis pour restauration qui ne fut pas réalisé ; un autre projet de Joseph Merklin daté du 14 août 1877 n'eut pas de suite ; en 1877 un devis de restauration fut fourni par Charles Michel Merklin de Lyon (69) ; les travaux achevés en 1899 modifièrent le style de l'orgue qui prit un caractère symphonique ; de décembre 1982 à août 1985 les ateliers Pascal Quoirin de Carpentras (84) ont restauré et remis la partie instrumentale de l'orgue dans son état d'origine, le buffet étant restauré par l'entreprise Mainponte de l'Isle Jourdain (32).