Les réserves du musée conservent des panneaux de vitraux, de petites dimensions, dont la plupart datent du 16e siècle et sont de provenance inconnue. Sept d'entre eux viendraient de Salins dans le Jura et plus précisément des églises Notre-Dame et Saint-Anatoile où ils avaient été repérés par Castan à la fin du 19e siècle. Les autres vitraux ont été acquis par le musée soit à la suite de legs, dont le plus important fut celui de M. Chenot, ancien sous-préfet de Poligny, soit à l'occasion de ventes, comme celle des ateliers Beyer à Besançon, en 1901. Enfin, le musée garde plusieurs fragments réalisés au 19e siècle dans le style du 16e siècle. Ce vitrail suisse a été réalisé en 1539 (ancienne inscription effacée) avec fragment de 1500. Il est entré au musée, en 1899, grâce au legs Chenot (collection Chenot).