Les réserves du musée conservent des panneaux de vitraux, de petites dimensions, dont la plupart datent du 16e siècle et sont de provenance inconnue. Sept d'entre eux viendraient de Salins dans le Jura et plus précisément des églises Notre-Dame et Saint-Anatoile où ils avaient été repérés par Castan à la fin du 19e siècle. Les autres vitraux ont été acquis par le musée soit à la suite de legs, dont le plus important fut celui de M. Chenot, ancien sous-préfet de Poligny, soit à l'occasion de ventes, comme celle des ateliers Beyer à Besançon, en 1901. Enfin, le musée garde plusieurs fragments réalisés au 19e siècle dans le style du 16e siècle. Ce panneau a été réalisé, vers 1480-1500, pour l'Annonciation et dans la deuxième moitié du 16e siècle, pour les têtes de putti. Il est entré au musée grâce au legs Chenot (collection Chenot). Vers 1900, le conservateur du musée, M. Vayssier, avait disposé ce panneau au centre d'une vitrerie incolore et l'avait entouré des cinq rondels provenant de Salins-les-Bains et du petit panneau rectangulaire présentant sainte Anne et la Vierge à l'Enfant.