Une première brasserie aurait été fondée vers le milieu du 19e siècle. Elle est incendiée en 1882 et vraisemblablement reconstruite peu après. Dite brasserie Jean-Paul-Emile Schmidt en 1894, elle apparaît en 1899 sous le nom de brasserie Wagner et commercialise sa bière sous la marque Au Lion de Belfort, et Salvator. Des travaux sont menés en 1899 sur le bâtiment de la touraille (reconstruction ?) par l'entrepreneur A. Wicker, d'après le procédé Hennebique. En 1901, la brasserie est équipée de « deux chaudières, une machine à vapeur de soixante chevaux, une machine à glace à l'acide carbonique du système Escher Wyss de Zurich, une dynamo de vingt-cinq chevaux pour l'éclairage et le transport de la force à une distance de 15 à 20 mètres, enfin une pompe fournie par la Société alsacienne de Construction. La fabrication de la glace se fait au moyen de bains d'eau salée et par pains de 15 kilos. On peut ainsi fabriquer  en 24 heures, 4500 kg de glace ». A cette date, les caves de fermentation renferment 25 cuves de 30 hl chacune. La brasserie est agrandie d'un magasin et hangar pour rince-fûts vers 1908 et d'une extension pour les bureaux en 1912, par l'entrepreneur belfortain Tournesac. Une nouvelle salle de brassage, édifiée vers 1908, comprend les transmissions motrices au rez-de-chaussée, la salle de brassage au premier niveau, la dynamo et la nettoyeuse de malt au deuxième, et les greniers et moulin au troisième niveau. Un bâtiment abritant des remises au rez-de-chaussée et quatre logements à l'étage est construit vers 1928 à l'actuel n°5 de la rue des Capucins. Un projet de construction d'une limonaderie, établi en 1932, n'a apparemment pas été exécuté tel quel, mais a peut-être donné naissance au bâtiment sur rue du même n° 5. La brasserie cesse sa production vers 1950. Une partie des bâtiments sert ensuite d'entrepôt de distribution (bières, eaux gazeuses, minérales, jus de fruits) à la brasserie de Sochaux (25), et l'autre partie est revendue. En 1974, l'Union financière de la Brasserie (Champigneulles, 54) reprend les installations Wagner. Les bâtiments sont achetés par la SCI les Capucins en 1975. La majeure partie des bâtiments est actuellement désaffectée, l'étage de soubassement étant utilisé comme garage.