Lorsqu'il installe le Port fluvial en aval de la gare de Besançon Rivotte, rive gauche, l'ingénieur des Ponts et Chaussées Moreau intègre dans son projet la connexion du port aux voies métriques de cette gare et aux voies SNCF du port des Près-de-Vaux et de la gare de la Mouillère, rive droite. Il prévoit, en remplacement du pont-rail métallique édifié en 1909-1910 pour la gare de Rivotte, la construction d'un " pont métallique à 3 travées solidaires de 44, 10 m d'ouverture chacune et de 5, 25 m de hauteur ", implanté un peu en aval et avec une orientation opposée. Des six sociétés qui répondent à la mise en concours, c'est la SA des Anciens Etablissements Ed. Zublin & Cie et A. Perrière & Cie, de Strasbourg, qui l'emporte avec un projet de pont... en béton armé. Les travaux débutent en octobre 1937 : la 1ère travée (rive gauche) est réalisée du 4 au 25 mai 1938, la 2e du 30 mai au 20 juin et la 3e (rive droite) du 25 juillet au 28 août. La réception provisoire a lieu le 17 novembre 1938 et la réception définitive le 17 novembre 1939, après que le pont a été soumis aux épreuves le 3 février. La mise en service des voies, le lendemain, marque l'achèvement des travaux du Port fluvial. Le 16 juin 1940, les autorités militaires font sauter le pont. Le déblaiement est entrepris par le service des Ponts et Chaussées après l'armistice et se termine début août 1941. La reconstruction de la pile démolie est confiée à la société Zublin et s'effectue courant 1942 semble-t-il, la suite des travaux étant envisagée pour le second semestre 1943. La gare de Rivotte ferme en 1951 puis le Port fluvial est progressivement désaffecté à partir des années 1980. Les voies sont donc déposées et le pont, rétrocédé à la ville, est livré à la circulation piétonne.