En 1908, Ernest Fagot reprend l'affaire Perrin-Guelaud créée en 1832 : fabrication de pain d'épice rue Marcel Aymé et comptoir de vente rue de Besançon. A partir de 1920 débute une période d'expansion. En 1922, une nouvelle usine et le logement patronal sont bâtis boulevard Wilson. Les ateliers y sont transférés en 1923. La production se diversifie avec les gaufrettes, la pâtisserie industrielle, les biscottes, le chocolat, les bonbons et les dragées. Les bâtiments sont agrandis en 1925, 1927, 1931 (biscuiterie et manutention) et 1939 (chocolaterie). Le 8 novembre 1934, les Ets Fagot deviennent une S.A. dirigée par Jacques Fagot, le fils d'Ernest. L'atelier central brûle en 1943. Il est reconstruit avec une charpente en acier. La partie sud de l'usine, la plus ancienne, est alors modernisée, la cour d'accueil certainement couverte à cette date. Les modifications se poursuivent de 1954 à 1962. En 1961, la société approvisionne avec ses camions les 24 magasins de sa chaîne de vente. Le 14 juillet 1974, elle est rachetée par G. Poirier qui la réorganise : il crée l'année suivante la S.A.R.L. Aliment Naturel (Alina) chargée de la fabrication, la S.A. Fagot s'occupant désormais de la vente et de la distribution (avec une politique de fermeture des magasins éloignés, du fait de la concurrence des grandes surfaces). En 1977, l'usine est transférée dans la zone industrielle de la route de Gray, dans de nouveaux locaux. Les anciens sont vendus à la ville et utilisés comme entrepôt municipal (2 200 m2 couverts), le logement patronal est une habitation privée. En 1961, 120 à 125 personnes en été, 150 à 160 en hiver et trois quarts de personnel féminin. En 1975, 60 personnes pour Alina (70 en 1989) et 80 pour Fagot (49 en 1989).