La date de fondation de l'abbaye est incertaine. Elle aurait été fondée par saint Eustaise, abbé de Luxeuil aux environs de 618. Elle est mentionnée dans un acte de partage des terres du roi Lothaire en 870. Elle est alors présentée comme une des abbayes les plus importantes de Bourgogne. En 1109 l'abbaye est réunie à Cluny par Guillaume 1er, archevêque de Besançon. A partir de 1542, le quartier des religieux est agrandi. L'église Saint-Pierre est détruite par un incendie en 1719. Les bâtiments conventuels sont reconstruits en 1724 comme le prouve la date figurant sur le linteau du portail. Vendus comme biens nationaux, en 1793, les bâtiments sont depuis divisés entre plusieurs propriétaires.