Jussey possédait dès 1717 un orgue de 11 jeux environs, construit par Claude Valentin de Dijon (Côte d'Or). Bénigne Boillot fut chargé de "faire et réparer l'orgue de Jussey". Le buffet de l'ancien orgue est réutilisé pour le positif du nouvel instrument en 1755. L'ébéniste Sébastien Aubert réalise le buffet du grand corps. On ne trouve pas de trace de pédale indépendante, le sommier du grand orgue occupant toute la largeur du buffet. Le soubassement ne possède pas d'ouverture à l'arrière. En 1844, Antoine Philipowicz, sous la direction de Nicolas Antoine Lété effectue quelques travaux. En 1899 Henri Didier modifie la composition (nouvelle soufflerie, nouveaux tirants de registre, jeux neufs, suppression des mixtures). En 1936, Jules Bossier fait du positif un clavier expressif. En 1975, Philippe Hartmann et Jean Deloye rétablissent une composition classique.