C'est sur la face interne de la grande jouée est des stalles sud qu'une inscription, en partie calcinée à la suite de l'incendie du 26 septembre 1983, attribue celles-ci au sculpteur genevois Jehan de Vitry et date leur achèvement de 1465. Leur historique est développé dans le dossier d'ensemble (IM39001530). Cette inscription est certainement apocryphe : une quittance d'une somme de 600 florins est payée à Genève en juin 1449, de la part de l'abbaye à"maître Jehan de Vitry, bourgeois de Genève, constructeur (operarius) des formes de l'église Saint-Pierre de Saint-Oyend.qui s'est chargé à la tâche, moyennant un prix convenu, de fabriquer et d'assembler les formes de la nouvelle église Saint-Pierre de Saint-Claude. Le même maître promet aussi d'achever cet ouvrage". Cette quittance est vraisemblablement une quittance récapitulative, le travail étant sur le point d'être achevé à cette date. De plus une étude dendrochronologique a daté l'abattage des arbres de l'automne 1445 ou de l'hiver 1446. A l'origine elles étaient installées une travée plus à l'ouest qu'aujourd'hui et étaient séparées de la nef par un jubé, détruit vers 1700. En 1769-1772, les stalles furent disposées au fond de l'abside, l'église étant devenue cathédrale en 1742. L'implantation actuelle remonte aux années 1869-1872, époque à laquelle elles furent fortement restaurées, en particulier par les sculpteurs Alexis Girardet et Charles Robelin. Le 26 septembre 1983 un incendie détruisit presque entièrement les stalles sud. qui ont été reconstituées à partir des divers documents graphiques et photographiques qui ont pu être réunis. Cette reconstitution a été effectuée de 1988 à 1995 par l'atelier Fancelli, d'Alfortville et, pour la sculpture des parcloses, par l'atelier Perrault, d'Angers. L'inauguration de cette reconstitution eut lieu le 15 novembre 1995, 90% des sujets ayant pu être reconstitués. Quelques éléments sculptés, en grande partie brûlés, ont été conservés. Quelques éléments des stalles en partie calcinés ont été réutilisés : la jouée haute est, certains autres : jouée ouest du deuxième groupe des stalles basses, trop calcinés, sont déposés dans l'ancienne salle capitulaire.