Les réserves du musée conservent des panneaux de vitraux, de petites dimensions, dont la plupart datent du 16e siècle et sont de provenance inconnue. 7 d'entre eux proviendraient de Salins dans le Jura et plus précisément des églises Notre-Dame et Saint-Anatoile où ils avaient été repérés par Castan à la fin du 19e siècle. Les autres vitraux ont été acquis par le musée soit à la suite de legs, dont le plus important fut celui de M. Chenot, ancien sous-préfet de Poligny, soit à l'occasion de ventes, comme celle des ateliers Beyer à Besançon, en 1901. Enfin, le musée garde plusieurs fragments réalisés au 19e siècle dans le style du 16e siècle. Ce panneau, d'origine suisse ou allemande, a été réalisé, vers 1500-1510. Il est entré au musée, en 1899, grâce au legs Chenot (collection Chenot) ; ce dernier l'avait acheté à Berne (Suisse).