L'église fut dotée d'un orgue en tribune des 1884 : on en ignore l'auteur mais on en connaît la disposition des jeux. Une réfection effectuée en 1911 par le facteur d'orgues Henri Didier entraîna le remplacement de certains jeux des claviers de grand orgue et de récit. En 1927, Jules Bossier procéda à un relevage et changea quelques jeux. En 1954, Ernest Schwenkedel augmenta le pédalier (30 notes au lieu de 18). Une restauration est entreprise en 1974-1975 par Alfred Kern de Strasbourg (67), et financée par le produit des kermesses organisées par le curé doyen Paul Bourdier et le conseil des laïcs. L'inauguration a lieu en présence de monseigneur Lallier, archevêque de Besançon. Les travaux effectués consistèrent à la construction d'une nouvelle console, la remise à neuf des claviers, la transformation et l'augmentation des sommiers, l'adjonction de jeux, la correction de l'harmonie. L'ancienne tribune fut détruite et l'orgue prit sa place actuelle.