L'ensemble, chronologiquement homogène, du mobilier des murs du choeur et du mur est de la nef comprend, essentiellement, l'autel et le retable du maître-autel, les deux autels et retables latéraux ainsi que le revêtement mural intérieur, constitué de lambris, comme les retables latéraux. Ce décor mural, matériellement et chromatiquement continu, reçoit sept peintures sur toile et une statue, un Christ en croix, surmontant l'arc triomphal. Dessins et plans de cet ensemble sont dus à l'architecte Nicolas Nicole de Besançon. Le peintre Adrien Richard, également de Besançon, est l'auteur d'au moins quatre des peintures sur toile. De nombreuses autres personnes ont travaillé à la réalisation et à la mise en place de cet ensemble, entre 1738 et 1741 : on connaît les noms des sculpteurs Antoine Reuille, Garnier et Verlis, ceux des menuisiers Joseph Jobin, Joseph _Melet et Maréchal, celui du tailleur de pierre Jean Calame. Le travail de dorure a été effectué par les soeurs Charlotte et Germaine Galezot de Salins (Jura), du 12 mai au 13 novembre 1740. Masson, architecte à Besançon, a"marbré les autels", du 18 juillet au 19 septembre 1740. Reposant sur l'autel du choeur, le tabernacle à dais d'exposition, le gradin, la croix d'autel et les six chandeliers d'autel sont de la 1ère moitié du 19e siècle et forment un autre ensemble chronologiquement homogène (IM25000072). Le tabernacle originel serait celui qui est actuellement dans l'église paroissiale du Saint-Esprit à Remonot, commune des Combes, canton de Morteau (IM25000041). Le décor mural du choeur et du mur est de la nef a été restauré en 1925 par M. Painchaux, architecte, et P. _Baumie, peintre.