Le barrage de Mailly-la-Ville a été aménagé sur les terrains, et plus précisément les îlots, du moulin de la Motte, vendus à l'Etat en 1886 : c'est ce que révèle une inscription au crayon sur le plan du canal dressé en 1930 en vue de la mise au gabarit de la péniche normale de 300 tonnes (VNF, Direction territoriale Centre-Bourgogne, subdivision de Corbigny). Un pertuis en charpente existait cependant auparavant (Avant-projet de reconstruction du pertuis de Mailly-la-Ville [...], 13 septembre 1860, Archives nationales F14 6991).